Файлы становятся нечитабельными, если их записывать в папке
 

Если в корень флешки записываю, все ок, а если в папке - файлы "ломаются"!
Есть какие-либо способы побороть проблему?

после форматирования то-же самое ?

То же самое. Это не от того, что у флешки корпус металлический (электрофицируется)?

проверься вот этой утилитой - http://www.freedrweb.com/cureit/?lng=ru если есть свой установленный антивирус, временно его выключи

Я бы рекомендовал разобрать флэшку,чтобы определить на каком контроллере она собрана(например Alcor,Phison и т.д.),затем скачать утилиту для соответствующего контроллера и сделать низкоуровневое форматирование.посмотрите здесь.Восстанавливал таким способом флэшки разной степени убитости.

Зачем разбирать исправную флешку? Вот если бы она не виделась как устройство, либо "устройство неопознано" это было бы оправдано. А так - абсолютно бесполезное занятие.
У каждой флешки есть свой ID по которому без проблем определяется контроллер, на котором она и работает. Вбиваем ID Вашей флешки в поиск и качаем нужную утилиту.

Кстати, некоторые флешки вобще разобрать невозможно (например, пулю, т.к. она литая) и их ремонт невозможен впринципе - нужную утилиту можно найти ТОЛЬКО по ID, а выход их строя контроллера, либо даже элементарно предохранителя является нецелесообразным ремонтом.

Ну во-первых не совсем она исправна,во-вторых большинство флэшек разбираются довольно легко и быстро и без последствий,в третьих в базе может и не оказаться нужного VIDа и PIDа,а разобрав флэшку можно узнать это наверняка.А литую флэшку можно и распилить,и такой ремонт вполне может оказаться целесообразным ,в случае если очень нужны данные которые на ней хранятся))