Добрый день.
Прошу прощения за задержку с ответом.
Действительно, похоже, что NSPro и JAF имеют конфликтующие версии драйверов FTDI.
На моем компьютере проблему удалось решить очень просто. Нужно всего лишь установить последнюю версию драйверов FTDI на компьютер. Для Windows 2000/XP/2003/Vista их можно взять отсюда:
http://www.ftdichip.com/Drivers/CDM/.../CDM_Setup.exe
После установки компоненты драйвера будут заменены на их последние версии.
Если вы будете снова устанавливать NSPro или JAF, программа установки может снова заменить файлы их старыми версиями, поэтому, возможно, придется запустить установщик FTDI вновь.
P.S. Кстати, программа установки NSPro достаточно вольно обращается и с файлами подсистемы смарт-карт, заменяя их версиями из своего дистрибутива, не взирая на, хотя бы, языковые различия.