В каком случае нужно пользоваться функцией Full Repair NVM
 

Full Repair NVM, например, для Samsung X450
В каких случаях надо пользоваться этой кнопочкой?

В том случае, если требуется сделать Repair. Если телефон глючит, виснет и так далее.

A шить телефон ,который глючит ,надо ставить галочку Repair Mode?

Поставьте, если она ставится.

какая разница между использованием функции Full Repair NVM для
глучащего телефона и прошивкой его же с помеченной галочкой
Repair Mode ?

или спросим по другому - чем обычная прошивка отличается от
прошивки с репайром ? какая область там восстонавливается ?

Этого я не знаю. Скорее всего, c этой настройкой из файла прошивки записываются области, помеченные как reserved region (для Trident), а без нее они не пишутся.