То, что Вы называете "мусор" - это скорее всего изменения в настройках телефона, внесенные Вами же в период между двумя "сливаниями".
Поэтому Вам и советуют сравнить оба бекапа компаратором, с целью удостовериться: в какой области данных наличествуют различия и количество этих различий. Тогда и можно будет сказать что (или кто

) у Вас глючит...